省科学院动物所拼接完成果子狸染色体水平基因组
发布时间：2022-05-20
广东省科学院动物研究所刘苹博士和陈金平研究员等开展的果子狸基因组研究取得新进展，研究结果以“The Assembled and Annotated Genome of the Masked Palm Civet (Paguma larvata)”发表于杂志《GigaScience》（IF：6.524），5月19日正式刊出。
果子狸曾经作为SARS冠状病毒的中间宿主，将SARS从蝙蝠传播给人类。果子狸仍然有将人畜共患病毒传染给人类的可能性，可能会对人类健康造成重大威胁。本研究组拼接了果子狸染色体级别的参考基因组，为果子狸及其近缘种的免疫调节机制、遗传分化和适应性进化研究提供了理想的参考基因组。
本研究联合使用PacBio测序、Illumina测序和Hi-C技术组装了果子狸染色体水平基因组。基因组组装大小为2.44 Gb，其中95.32%可挂载到22条染色体上（图1），contig N50和scaffold N50分别为12.97 Mb和111.81 Mb。预测了21,582个蛋白质编码基因，其中95.20%的预测基因可以注释到功能。
图1 果子狸基因组染色体及基因密度
对19个动物物种的系统发育分析证实了果子狸与猫科物种之间的密切亲缘关系（图2）。基因家族聚类揭示了果子狸基因组中119个独特的、362个显着扩展的和58个显着收缩的基因（图2）。我们在果子狸中鉴定了971个阳性选择基因，并且在果子狸中阳性选择了一个已知的人类病毒受体基因PDGFRA，这是人类巨细胞病毒（HCMV）感染所必需的。
图2 19个物种的系统发育关系、分化时间（百万年），一级基因家族收缩和扩张情况
果子狸高质量的基因组组装为探索病毒-宿主相互作用提供了有价值的基因组资源，也将为研究该物种的形态特征、适应性进化和进化史的遗传基础提供可靠的参考。
该研究获得了广东省科学院科技发展项目（2020GDASYL-20200103090），广东省林业局野生动物和流行病监测项目的支持。
附全文链接：https://academic.oup.com/gigascience/article/doi/10.1093/gigascience/giac041/6588112?searchresult=1